腸内フローラ検査キット【マイキンソー】徹底攻略。足りない菌は補える?短鎖脂肪酸・エクオール・要注意菌を母雀がガチ検証

腸内フローラ検査キットを試す図 乳酸菌&サプリ

腸活しても便秘が治らないので「腸内フローラ検査」に活路を見出すことにした

ヨーグルトを食べる。
乳酸菌を飲む。
食物繊維を増やす。
糖質も徹底的に減らして、ケトーシスまでやる。

母雀、だいたいやりました。

そして最終的にどうなったかというと、
便秘は治らず、1か月後に激痛で病院送りになりました。

もうね。
「次はどの乳酸菌を試そうかな♪」
どころではありません。

一回、自分の腸に何がいるのか見た方がよくない?
原因が分かれば、足りない所にピンポイントで送り込むこともできるはず。

ということで気になったのが、腸内フローラ検査「Mykinso(マイキンソー)」です。

自分の大腸に「どの菌が、どれくらいの割合で住み着いているのか」を遺伝子レベルで数値化してくれるサービスです。

でも、私がこの検査を面白いと思った理由は、単に「あなたの腸内環境は○点でした!」という通信簿が見られるからではありません。

もっと奥深い。


マイキンソーは「どの菌が少ないか」まで見えてくる

マイキンソーは、ただ「善玉菌が多い・少ない」で終わる検査ではありません

  • 便に含まれる腸内細菌の遺伝子を解析し、5段階評価で結果をわかりやすく表示
  • ダイエット・美容・お通じ・運動・免疫など、7つの目的別カテゴリで「今の自分の腸内環境」を可視化
  • 有用菌・注意菌の傾向に合わせて、ライフスタイル改善のアドバイスを個別に紹介
  • 検査結果をもとに、自分の腸内タイプに合わせたサプリメントを選ぶ際の参考情報を提供

腸内フローラを構成する菌のバランスが、数値で可視化されます。
その中身として、フィーカリバクテリウム、アナエロスティペス、クロストリジウム、ディアリスター、クリステンセネラなど、一般的には馴染みのない菌が属レベルで並んでいます。

病院版(Pro)では、さらに大腸カメラの目安や IBS・糖尿病などの疾患リスク指標まで踏み込んで判定してくれます。

すごい!
……でも、少なかったら、どうすればいいの?

検査結果の改善アドバイスを見ると、果物、運動、玄米や雑穀米などがすすめられています。
別に間違ったアドバイスではありません。

でも――
遺伝子レベルのハイテク検査から出てきたのが、まさかの王道アドバイス。
「いやいや、それ全部やって撃沈したからここに辿り着いたんじゃい!」という母雀には突っ込みどころ満載です。
そこで、マイキンソーの主要項目を「じゃあどう攻略すればいいの?」という現実的な視点で整理してみました!

母雀式・腸内細菌の攻略表

「じゃあ、検査で少ない菌が分かったら、その菌を飲めばいいの?」

残念ながら、そんなに単純ではありません。

市販のヨーグルトやサプリで補いやすい菌もあれば、
研究段階でまだ買えない菌、
菌そのものではなく別ルートで補う方が現実的なもの、
逆に「増やす」のではなく減らす方向で考える菌もあります。

まずは、マイキンソーの主要項目を
「実際どう攻略するの?」
という視点で整理しました。

検査カテゴリ何を見る項目?攻略判定現実的な攻略法
酪酸産生菌大腸の壁を支える重要なエネルギー源「酪酸」を作る菌たち。フィーカリバクテリウム、アナエロスティペス、クロストリジウムなど△菌によって事情がバラバラ。直接補えない菌も多いが、宮入菌のような市販菌や、CLB101のように商品化が始まった菌もある
酢酸産生菌腸内を弱酸性に保ったり、ほかの菌の材料にもなる「酢酸」を作るビフィズス菌○市販のヨーグルトやサプリが多く、比較的直接補いやすい。ただし菌株ごとに効果は違う
プロピオン酸産生菌代謝や食欲調節との関係が研究される「プロピオン酸」を作る菌。マイキンソーではディアリスターなどを見る× / ↪一般向けに菌そのものを直接補う商品はほぼない。食事や腸内環境から「自前で作らせる」方向が中心
エクオール産生菌大豆イソフラボンから「エクオール」を作れる菌を持っているかを見る↪自力で生成できなければ、S-エクオールという完成品を直接摂るルートがある
やせ菌体格や代謝との関連が研究されているクリステンセネラなど△研究・臨床開発は進んでいるが、一般向けサプリとして気軽に買える段階ではない
アクティブ菌群食物繊維の利用や短鎖脂肪酸産生などに関わる菌群。ブチリシコッカス、ラクノスピラ、ロゼブリア、モノグロバスなど△ / ↪菌ごとに研究段階が違う。直接飲むより、食事やプレバイオティクスで働きやすい環境を整えるものも多い
要注意菌多すぎない方がよいとされる菌。不摂生菌、肥満菌、便秘関連菌など↓食事や生活習慣を見直して増えにくい環境を作る

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○:市販品などで直接補いやすい
△:研究中・海外製品あり・菌によって対応が分かれる
×:一般向けに直接補う方法がほぼない
↪:菌そのものではなく、別ルートで補える
↓:増やすのではなく、減らす・増えにくくする方向で考える

※「飲める菌」と「検査値を増やせる菌」は別です。

短鎖脂肪酸「3兄弟」を知ると、乳酸菌の闇雲ガチャをやめたくなる話

腸内細菌が食物繊維などをモグモグ発酵すると、「短鎖脂肪酸」というものを作ってくれます。

大腸が元気に働けるかどうかは、この成分がとっても重要。
しかもこの短鎖脂肪酸、個性豊かな「3兄弟」なんです。

  • 長男「酪酸」:大腸の直接のごはん
    大腸の壁(粘膜細胞)が働くためのエネルギー源そのもの。ここが足りないと、大腸の壁を守る力も弱りやすくなり、粘膜バリアにも影響しかねません。
    炎症、免疫、代謝との関係も注目されています。
  • 次男「酢酸」:部屋を掃除する防衛隊長
    ビフィズス菌などが作るお酢の成分。強い酸性パワーで悪玉菌をブロックし、腸内を弱酸性にキープします。
    さらに、「酢酸を材料にして酪酸が作られる」という菌同士のパス回し(クロスフィーディング)の起点にもなる超重要ポジションです。
  • 三男「プロピオン酸」:太りにくさを支える連絡係
    腸を抜けて全身に回り、肝臓の代謝を助けたり「もうお腹いっぱいだよ」という満腹シグナル(GLP-1など)に関わったりします。

「乳酸菌を何億個飲んだか」より大事なこと

見ての通り、3兄弟はそれぞれ担当部署がまるで違います。

部屋をきれいにする「酢酸」も、大腸のエネルギーになる「酪酸」も、全身の代謝に関わる「プロピオン酸」も、どれか一つだけあればいいわけじゃない。

「チームとして連携して作られているか」が大腸のゴキゲンを左右します。

つまり、
「乳酸菌が何千億個入ったヨーグルトを毎日食べる」

でも自分の大腸には、肝心の酪酸を作るメンバー(フィーカリバクテリウム等)が壊滅状態だった……
なんてことが起きていたら、いくらヨーグルトを流し込んでも根本的な解決にならないわけです。

母雀の便秘が微動だにしなかったのも、まさにこの一人相撲だったのかもしれません。
当時は知らなかったのですが…。

マイキンソーのレポートでは、
「善玉菌が多い・少ない」というフワッとした話じゃなくて、「自分の腸内で、この3兄弟を作るチームがどう揃っているのか?」の生息マップが丸見えになります。

でも「足りない菌を飲めばいい」とはいかないのが、腸活沼

ここで一番の疑問が出てきます。

「じゃあ、不足している菌をサプリで飲めば一発解決なの?」

実は、ここが一番ややこしいところ。
3兄弟を直接補えるかどうかは、菌によって事情が全然違います。

  • 酢酸産生菌(ビフィズス菌):
    市販のヨーグルトやサプリに山ほど入っていて、外から直接チャージしやすい優等生。
  • 酪酸産生菌(フィーカリ・アナエロスティペス等):
    大腸の主役であるフィーカリバクテリウムなどは、酸素に触れると即死する(絶対嫌気性)ため、今の技術ではサプリとして商品化すること自体が激ムズ。
    日本では、生きて届く宮入菌(ミヤリサン)もありますが、定着には至りません。
    ※ただし最近、飲める可能性を秘めた期待株「CLB101」が登場して、臨床開発がリアルタイムで進んでいます!海外では、一部で製品化も果たしました。このあたりは今後も追跡調査予定です。
  • プロピオン酸産生菌(ディアリスター等):
    市販のサプリで直接補うルートはほぼ存在しません。
    外から足すのではなく、大麦などのエサを食べて腸内で自前の菌に作らせる(↪迂回ルート)のが基本作戦になります。

エクオールって女性向け?実は「男性」にもめっちゃ関係ある

もう一つ、面白いのがエクオールです。

大豆イソフラボンの一種「ダイゼイン」を、エクオールという成分に変換できる腸内細菌を持っているかを見る項目です。

「エクオール = 女性ホルモン似の成分 = 女性専用サプリ」と思っていませんか?
母雀も、年齢肌とか美容向けかなぁと最初はそう思ってました。

でも実は、マイキンソーの検査結果を見ると男性のレポートにもバッチリ判定項目があるんです。

男女で関係してくるポイントが全然違うので、サクッと整理してみました。

  • 女性の場合:40代以降の更年期・エイジング・骨の味方
    大豆イソフラボンよりも受容体にくっつく力が強いエクオールは、更年期のゆらぎ(ほてり・イライラ)をやわらげたり、肌のハリや閉経後の骨密度維持を支える頼もしい味方(Pubmed)。
    臨床研究でも、閉経前後の女性において「エクオールを産生できる人」や「エクオールを摂取した群」の方が、内臓脂肪面積の増加が抑えられ、腹囲が太くなりにくいというデータが多数報告されています(Pubmed)。
  • 男性の場合:前立腺トラブルやAGA(薄毛)のブレーキ役
    抜け毛(AGA)や前立腺肥大の引き金になる悪玉男性ホルモン(DHT)と、エクオールの関係が研究されています。エクオールにはDHTと結合する性質が報告されていて、男性ホルモンが関わる領域で「ブレーキ役になれるのでは?」と注目されています(Pubmed)。
    糖・脂質代謝との関係も研究されていて、中年以降のメタボや生活習慣病リスクを考えるうえでも、見逃せない成分です(Pubmed)。

最大の落とし穴:「作れる人」は日本人の2人に1人だけ

いくら「健康のために!」と毎日豆腐や納豆、豆乳を一生懸命食べていても、日本人のおよそ50%(2人に1人)は腸内にエクオール産生菌を持っていません。

作れる菌がいないなら、大豆をいくら食べても「普通のイソフラボン」として通過するだけ。
本人は食生活に気を付けているつもりでも、エクオールの恩恵をフルに受け取れていない可能性があるわけです。

だからこそ、検査で

  • 「作れる(菌がいる)」 → これからも納豆や豆腐を美味しく食べる!
  • 「作れない(菌がいない)」 → 大豆を無理にドカ食いせず、完成品の「S-エクオール」サプリで直接摂る(↪迂回ルート)

とハッキリ白黒つけられるのが、この項目のめちゃくちゃ面白いところなんです。

もし検査で『作れない派(非産生者)』だった場合は、こちらで迂回できます。
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やせ菌・アクティブ菌:お腹の中の「実動部隊」と「話題のレアキャラ」

マイキンソーのレポートで、ダイエッターが思わず二度見するのがこの項目。
「やせ菌」なんてパワーワードを見せられたら、気にならないわけがありません(笑)。

でもこれ、「多ければ勝手にスルスル痩せる魔法の菌」という意味ではありません。
ここでお腹の中の何を見ているのか、ざっくり分解するとこうなります。

1. やせ菌(クリステンセネラ):肥満の人には少ない「話題のレアキャラ」

  • どんな菌?
    スリムな体型の人から比較的多く見つかることから、世界中で「やせ菌」として注目されている腸内細菌です。
    しかも、世界中の100歳以上の元気な高齢者の研究でも、たびたび名前が挙がる「ご長寿菌」でもあります。
    BMI・長寿・遺伝との関連が研究(PubMed)されており、次世代プロバイオティクスの有力候補として超注目されています。
  • ぶっちゃけ補えるの?
    現時点では、ドラッグストアでサプリを買ってチャージするのは無理ゲーです。
    初めはフランスのバイオベンチャー(YSOPIA社)が、生菌カプセル「Xla1」として肥満治療薬のヒト臨床試験(第I相の安全性試験)まで進めていましたが、同社は2023年に破産。
    その後、米国の Verb Biotics社 がその膨大な菌株ライブラリや特許などの研究資産を引き継ぎました。
    そして、蓄積をベースにサプリ向け原料として再選抜されたのが「LX03」です。
    医薬品を夢見て散ったはずの研究資産が、新天地でサプリの原料として再出発しているという、バイオ業界の逞しいドラマを感じる枠ですね(笑)。
    海外では配合をうたう商品がチラホラ出始めていますが、生菌としての品質管理やエビデンス通りに働くかはまだ未知数。
    これからどう実用化されていくか見守りたい注目株です!!
  • 検査で見る価値
    「いたから痩せ体質!」「いなかったからデブ確定!」なんて単純な二元論ではありません。
    でも、「世界が本気で狙っている話題の限定キャラ、私のお腹にも住み着いてる?」という答え合わせができるのは、この遺伝子検査ならではのロマンではないでしょうか。

もう一つの「やせ菌」、アッカーマンシア

実は、世界的に注目されている「やせ菌」は、クリステンセネラだけではありません。

アッカーマンシア(Akkermansia)も、肥満や糖代謝、腸のバリア機能との関係で研究が進む腸内細菌です。

クリステンセネラとは別の菌で、最近では日本でもアッカーマンシアの菌体そのものを配合したサプリメントが登場しています。

マイキンソーでは、クリステンセネラが「やせ菌」という独立した検査項目になっていますが、アッカーマンシアも公式の菌辞典に掲載されています。
検査結果の菌リストに表示される場合は、Akkermansia属の検出割合を確認する手掛かりになります。

ただし、属レベルの検査なので、検出されたから痩せやすい、検出されなかったから太りやすいと判定できるものでもありませんが、マイキンソー(Mykinso)の公開データでは、アッカーマンシア属の保有者率は22.29%。
検査で見つかったら、ちょっと嬉しい数字であることは、違いありません。

「やせ菌」とひとくちに言っても、研究対象も働きもさまざま。
自分の腸内細菌の顔ぶれを知る楽しみが、また一つ増えるわけです。

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2. アクティブ菌群:食物繊維をモグモグ分解する「腸内コンビナート部隊」

  • どんな菌?
    特定の菌1匹のことではなく、ブチリシコッカス、ラクノスピラ、ロゼブリア、モノグロバスという4つの菌ファミリーの総称。私たちが食べた海藻や果物、雑穀の食物繊維を現場でガシガシ分解し、腸を動かすエネルギー(酪酸など)に変えてくれる働き者たちです。
  • ぶっちゃけ補えるの?
    これも外から飲むというより、「エサを与えて働かせる現地スタッフ(↪)」。
  • 検査で見る価値:「食物繊維を頑張って食べているのに、それを現場で処理してくれる作業員(アクティブ菌)が足りているか?」が分かります。作業員がスカスカなら、いくら野菜を食べても短鎖脂肪酸に変換されにくいわけです。

「外から足す」より「自前の戦力を知る」ための項目

やせ菌もアクティブ菌も、ドラッグストアのサプリ棚で「はいこれ!」と買って一発解決できる菌ではありません。

だからこそ、

  • 「自分の腸に、やせ菌(クリステンセネラ)は生息している?」
  • 「食物繊維をエネルギーに変える実動部隊(アクティブ菌)はちゃんと揃ってる?」

をレポートで覗いてみる。
「痩せたいから、体に良さそうなものを闇雲に食べる」のをやめて、「自分のお腹にいる自前の戦力を把握して、適切なエサを届ける」という作戦に切り替えるための超重要データなんです。

要注意菌:その食事、実は「増やしちゃいけない菌」の大好物になってない?

腸活というと「良い菌をどうやって足すか?」ばかりに目が行きがちです。

でも、便秘や腹痛で撃沈した母雀が痛感したのは、「自分の食事で、増やしちゃいけない菌をせっせと育てていないか?」という逆の視点でした。

暴飲暴食だけでなく、自分の体質に合わないダイエットや腸活でも要注意菌を増やしてしまうことがあります。

マイキンソーのレポートでは、多過ぎない方が良いとされる「要注意菌」もバッチリ数値化されます。主な顔ぶれは以下の通りです。

  • 便秘関連菌(ビロフィラ / Bilophila):動物性脂肪や肉、乳脂肪を摂りすぎると、消化のために分泌される胆汁酸をエサにして大増殖する菌。
    腸の粘膜バリアを攻撃するガス(硫化水素)を出すため、糖質制限(ロカボ)やケトジェニックダイエット(高脂質・超低糖質)で、便秘や腹痛を悪化させる隠れた元凶になりやすい。
  • 不摂生菌(フソバクテリウム):口腔内や腸内で炎症・疾患リスクとの関連が研究されている要注意菌。病院版(Mykinso Pro)の「大腸画像検査おすすめ度」の目安指標にもなっている。
  • 大腸菌群(エシェリキア-シゲラ):腸内環境が乱れてアルカリ性に傾くと勢力を伸ばしやすい、代表的な悪玉グループ。
  • 肥満菌(フソバクテリウム、ステレラ、メガスファエラなど):代謝の乱れや偏った食生活によって増えやすい菌たち。

攻略法は「足す」ではなく「増やさない環境づくり」

この項目は、サプリを飲んで解決する話ではありません。

  • 動物性脂肪や肉ばかりに偏っていないか?
  • 悪玉菌のエサになる未消化タンパク質を溜め込んでいないか?
  • 腸内がアルカリ性に傾いていないか?

といった「今の食生活のマイナス要素」をあぶり出し、エサを断って勢力を削るためのブレーキ役データです。

「ヨーグルトも肉もサプリもいっぱい摂ってるのに、なんでお腹が痛いの?」と悩んでいる人ほど、この要注意菌が暴れていないかを確かめる価値があります。

ヨーグルトを死ぬほど食べても、届かない菌がある

検査で「この菌が足りないよ!」と分かったところで、全部の菌がサプリで買えるわけではないのがこの世界のややこしいところ。

大腸の主役である「酪酸産生菌(フィーカリバクテリウムなど)」や「やせ菌(クリステンセネラ)」などは、高機能をうたった乳酸菌サプリメントや、市販のヨーグルトをどれだけ食べても1ミリも入っていません。

つまり、
「乳酸菌を何億個飲んだか」だけ見ても、腸内で何が起きるかは分かりません。

どんな菌がいるか。
何を食べているか。
その菌たちが何を作るか。
さらに、別の菌へ材料を渡せるか。

腸内環境は、この連携で動いています。

だから母雀がやっていたような、
「やせ菌(クリステンセネラ)の餌は、水溶性食物繊維だ!
だからイヌリンとかオリゴ糖を摂ればOK!」
みたいな発想は、意外と乱暴な作戦だったわけです。

※水溶性サプリもエサもバッチリ計算して送り込んでいたのに、なぜ病院送りになったのか……
その壮絶すぎる自爆劇(便秘大魔王さまとの死闘)は別記事で詳しく晒しています。

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検査元がわざわざ『果物』と書いている理由は、ここでした。

だからマイキンソーのアドバイスが、果物やナッツ、穀物みたいな多種の食物繊維や植物成分を含む王道の食事に戻ってくるのも、少し分かってきました。
特定の菌1匹だけを狙い撃ちするより、腸内の住人みんなにエサを配る。
そういう発想なんですね。

ですが、乳酸菌の進化は著しい。

なにしろ2026年秋現在、
「去年まで飲めなかった菌が、来年には商品になっている」
くらいの速度で、この世界は動き始めています。

当サイトの乳酸菌・有用菌図鑑でも、今後この判定を追いかけていきます。

ほかの腸内フローラ検査と比較するなら?

腸内フローラ検査には、マイキンソー以外にも選択肢があります。
より詳しく腸内細菌を調べたい方には、KEAN Healthの「chatFLORA G」もおすすめです。

KEAN Health の「chatFLORA G」は、8カテゴリー・40項目のレポートに対応。
さらに、ロングリード解析技術によって、腸内細菌を従来の「属」より細かな「種」レベルまで解析できるのが特徴です。
ただし、2025年9月に発売された比較的新しいサービスのため、利用者による詳しい口コミはまだ少なめ。

一方のマイキンソーは約20項目のレポートで、腸内細菌のバランスや健康に関連する指標を確認できる検査サービスです。
マイキンソーの強みは、豊富な国内検査データ。
2015年からサービスを展開し、2026年4月時点で累計25万件以上の検体実績があります。
蓄積されたデータを基に、年齢や性別、生活習慣などを考慮した腸内環境の評価を行っており、主要な腸内細菌については膨大な受検データの平均値と自分の立ち位置を見比べられるのが、最大の強みです。
「自分の生活習慣を見直す具体的なきっかけになった」と、受検後の評価が高いのも納得のポイントですね。

菌の種類をより詳しく調べたいなら「chatFLORA G」。
自分の腸内環境を豊富な国内データと比較したいなら「マイキンソー」。

腸内細菌の勢力図だけは、自力じゃ絶対に答えが分かりません。
良かれと思ったサプリや食事で自爆する前に(笑)、一度ちゃんとお腹の中の答え合わせをしておくこと。
それが一番確実な「腸活への第一歩」です。

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下記は、全て KEAN Health の直営サイトです。

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こちらも全て、株式会社サイキンソー(Cykinso Inc.)の直営店です。

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